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1424년(세종 6) 세종은 기존의 7개 종단을 선·교 양종으로 나누고 각각 18개씩 36개 사찰만 공인하였는데, 이때 흥교사는 교종 18사 중 하나로 지정되었다.
선·교 양종이 처음 세워졌을 때 흥교사는 36개의 공인 사찰에 들어가지 않았지만 2년 후 정종의 수륙사(水陸社)인 송광사(松廣寺)와 정종의 능침사인 흥교사의 중요성이 인정되어 선종에 소속된 기존의 구례 화엄사(華嚴寺)와 은율 정곡사(亭谷寺)를 혁파하고 이들 두 사찰을 선종에 새로 포함시켰다[『세종실록』 6년 10월 25일]. 이러한 조치가 내려지기 직전에 화장사(華藏寺)를 혁파하면서 정종이 하사한 전지 200결을 흥교사에 지급하였고[『세종실록』 6년 9월 8일], 『세종실록』 「지리지」 해풍군(海豐郡) 조목에서는 흥교사를 후릉의 재궁으로 삼았으며 선종에 속하게 하여 전지 250결을 주었다고 기록하고 있다.
앞서 선·교 양종 36개 사찰을 공인할 때 선종의 화엄사에는 원래 보유 전지 100결에 50결이 추가되었고 거주 승려는 70명으로 지정되었으며 정곡사는 원속전 60결에 90결이 더해졌고 거주 승려는 70명이었다. 이들을 대신해 흥교사와 함께 선종 18사에 새로 포함된 송광사에는 전지 130결이 지급되었다. 지급된 토지의 규모만을 비교해 보면 당시 이들 사찰 가운데 흥교사의 위상이 가장 높았음을 알 수 있다.
이후 명종대에는 능침사인 제릉의 연경사와 후릉의 흥교사 전각이 오래되어 수리할 필요가 있으므로 태조의 옛 사저인 목청전(穆淸殿)의 고사목(枯死木)을 활용해 쓰도록 하였다[『명종실록』 7년 11월 6일]. 흥교사는 조선후기에 여러 차례의 중수를 거쳐 근대기까지 이어졌지만 현존하지는 않는다.